1983 年 8 月 17 日，市審計局成立。根據濟編發〔1983〕87 號《關于確定市審計局內部機構和人員編制的批復》，機關編制 55 人，實有 12 人，內設辦公室、財政金融審計科、工業交通審計科、商糧審計科、基本建設審計科、行政事業審計科、綜合科。

    1984 年，根據濟編發〔1984〕80 號《關于市審計局增加人員編制的通知》，增編 45 人，人員編制達到 100 人。同年，根據濟編發〔1984〕105 號文件，人員編制減 5 人，成為 95 人，實有 63 人。同年，增設人事教育科，內設科室8 個。

    1985 年，增設機關黨支部、工交審計二科、農林水審計科。原工業交通審計科更名為工交審計一科。內設科室 11 個（含“機關黨支部”，下同）。同年，根據濟編發〔1985〕13 號文件，人員編制減 2 人，成為 93 人，實有 77 人。

    1986 年，增設城建資金審計科、外資審計科、信訪科、基建辦公室。內設科室 15 個。根據〔1986〕濟審人字第 19 號文件，人員編制增加 35 人，成為 128 人，實有 104 人。

    1987 年，根據濟編發〔1987〕27 號文件，原有科室改為辦公室、財政金融審計處、工業交通審計處、商糧審計處、基本建設審計處、行政事業審計處、綜合處。根據濟編發〔1987〕172 號文件，增設人事教育處、信訪處。根據〔1987〕濟審人字第 27 號文件，共設置 14 個處室，即辦公室、人事教育處、綜合處、工交審計一處、工交審計二處、商糧貿審計處、財政金融審計處、行政事業審計處、基本建設審計處、城建資金審計處、外資審計處、內部審計指導處、調研法規處、信訪處；撤銷原來的農林水審計處、基建辦公室。

    1988 年，根據濟編發〔1988〕75 號《關于市審計局增設內部機構的批復》，原工業交通審計處更名為能源交通審計處，增設外經審計處、內審指導處、工業企業審計處。調整后，內設機構仍為 14 個處室。人員編制為 128 人，實有 111 人。

    同年，根據濟編發〔1988〕137 號文件，設立專職監察員。

    1989 年，根據濟編發〔1989〕20 號《關于審計機關增加編制和調配干部的通知》，在原 128 人行政編制的基礎上，增加 41 個事業編制。同年，設立監察室；成立中共濟南市審計局機關總支部委員會。內部機構設置為 15 個處室（含“機關黨總支委員會和監察室”，下同）。人員編制為 169 人，實有 124 人。

    內設機構詳見下表：

    1990 年，根據濟編發〔1990〕33 號《關于成立濟南市稅收、財務、物價大檢查辦公室的通知》，調給市稅收、財務、物價大檢查辦公室 3 個行政編制名額。根據濟編發〔1990〕83 號《關于調整審計機關事業編制的通知》，由市審計局劃出 15 個事業編制，分配給各縣、區審計局。人員編制 151 人（其中行政編制125 人，事業編制 26 人）。實有人數 140 人。內設機構未變。

    1991 年，設立中共濟南市審計局機關黨委。人員編制、實有人數及機構設置未變。

    1992 年，根據濟編發〔1992〕8 號文件，增設法規處，原內部審計指導處改為審計體系指導處。同年，設立機關工會工作委員會。人員編制未變，實有136 人。

    內設機構 16 個，詳情見下表：

    1993 年，機構設置、編制、實有人數無變化。

    1994 年，監察室改為紀檢監察室。機構、編制未變，實有 126 人。

    1995 年，財政金融審計處改為財政審計處，增設金融審計處，撤銷信訪處和能源交通審計處。內設機構由 16 個變為 15 個。實有人員和編制未變。

    內設機構詳情見下表：

    1996 年，機構、編制未變。實有 136 人。

    1997 年，工業企業審計處更名為工業交通審計處，商糧貿審計處更名為商貿審計處，外經審計處更名為外資運用審計處，審計體系指導處更名為審計管理處，人事教育處更名為組織人事處，內設機構仍為 15 個。編制由 151 人變為 145 人（其中行政人員 135 人，工勤人員 10 人）。實有人數 129 人。

    內設機構詳情見下表：

    1998 年，機構、編制未變。實有人數 127 人。

    1999 年，根據濟編發〔1999〕21 號文件，增設行政事業經濟責任審計處、企業經濟責任審計處。內設機構 17 個。編制未變，實有人數 135 人。

    內設機構詳情見下表：

    2000 年，機構、編制未變。實有 133 人。

    2001 年，根據濟編發〔2001〕105 號文件，增設農業與環保資源審計處、社會保障審計處、固定資產投資審計處；法規處更名為法制處；同時撤銷城建資金審計處、基本建設審計處、審計管理處、綜合處、行政事業經濟責任審計處、企業經濟責任審計處；增設濟南市經濟責任審計辦公室（副局級 16 人事業編制），下設綜合處、行政事業經濟責任審計處、企業經濟責任審計處。根據濟編發〔2001〕123 號文件，增設派出審計一處、派出審計二處、派出審計三處和派出審計四處 4 個事業編制處，合計事業人員編制 40 人。內設機構達到 21 個。人員編制由 145 人增加到 176 人（其中行政編制 110 人，事業編制 66 人）。實有131 人。

    內設機構詳情見下表：

    2002 年，人員編制、內設機構未變。實有 153 人（其中行政編制 130 人，事業編制 23 人）。

    2003 年，人員編制、內設機構未變。實有 162 人（其中行政編制 131 人，事業編制 31 人）。

    2004 年，根據濟政辦發〔2004〕122 號文件，增設計算機審計技術處、財政金融審計處，同時撤銷財政審計處和金融審計處。內設機構仍為 21 個處室。根據實際工作需要，臨時自設經濟貿易審計處，承擔工業交通審計處和商貿審計處的職能。同時，將派出審計一處和派出審計二處的人員，全部調整到其他處室。實有 167 人（其中行政編制 126 人，事業編制 41 人）。

    內設機構詳情見下表：

    2005 年，人員編制、內設機構未變。實有 163 人（其中行政編制 109 人，事業編制 54 人）。

    2006 年，人員編制、內設機構未變。實有 171 人（其中行政編制 109 人，事業編制 62 人）。

    2007 年，根據濟編辦發〔2007〕82 號文件，核銷離退休干部工作人員編制 3 人，核增行政編制 1 人。濟南市經濟責任審計辦公室，由全額預算管理副局級事業單位調整為內設副局級機構。原使用的事業編制予以核銷，改配行政編制 22 人。派出審計一處、二處、三處、四處，由全額預算管理縣級事業單位調整為局內設處級機構，原使用的事業編制核銷，各配行政編制 8 人，領導職數不變。調整后，配行政編制 153 人、工勤人員編制 12 人，機關編制總額 165 人。實有 174 人（其中行政編制 110 人，事業編制 64 人）。

    2008 年，人員編制、內設機構未變。同年 12 月 30 日，原事業編制 52 人參加濟南市公務員過渡考試，全部通過。實有 178 人（其中行政編制 114 人，事業編制 64 人）。

2009 年，根據濟編辦發〔2009〕61 號《關于下達 2006、2007 年度超編接收安置軍轉干部行政編制控制數的通知》，增加行政編制數 5 個，增編后，行政編制由 153 人變為 158 人。1 月 15 日，經市人力資源和社會保障局批準，事業編制參加公務員過渡人員進行公務員登記。同年 11 月，根據濟辦發〔2009〕20 號文件，市紀委、市監察局派駐機構抽調編制 3 人，行政編制由 158 人變為 155 人。實有175 人。

    2010 年，根據市政府“三定方案”濟政辦發〔2010〕18 號文件，核定人員編制和領導職數為：行政編制 157 人（含 6 個行政編制控制數）。領導職數核定局長 1 名、副局長 5 名，總審計師 1 名（副局級），市經濟責任審計辦公室主任 1 名（副局級）、副主任 2 名（正處級），處長（主任）19 名、副處長（副主任）36 名。工勤人員 12 名，實有 169 人。此次編制調整為：1. 保留辦公室、組織人事處、財政金融審計處、工業交通審計處、商貿審計處、外資運用審計處、農業與資源環保審計處、社會保障審計處、固定資產投資審計處、計算機審計技術處、經濟責任審計辦公室（副局級，設綜合處、行政事業經濟責任審計處、企業經濟責任審計處）；2. 將法制處更名為法規處，將行政事業審計處更名為行政事業審計一處，將派出審計二處更名為融資建設項目審計處，將派出審計三處更名為投資建設項目審計處，將派出審計一處更名為行政事業審計三處，將派出審計四處更名為行政事業審計二處；3. 機關黨委按有關規定繼續保留。

    內設機構詳情見下表：

    2011 年，根據濟編辦發〔2011〕70 號文件，核增行政編制 1 人。調整后，行政編制由 157 人變為 158 人。內設機構未變。

    2012年，根據濟編辦發〔2012〕26 號文件，核增行政編制 1 人。調整后，行政編制由 158 人增為 159 人。內設機構未變。根據濟編辦發〔2012〕198 號文件，核減行政編制 3 人。調整后，行政編制由 159 人變為 156 人。